Identificare il più antico ateneo al mondo è sempre una complicata ricerca, ma una di queste porta ancora il nome del suo fondatore. L'Università degli Studi di Napoli fu fondata dall'imperatore del Sacro Romano Impero e re di Sicilia Federico II di Svevia il 5 giugno o il 5 luglio 1224 tramite una lettera circolare (generales licterae) inviata da Siracusa.

Poiché fu creata per volere stesso dell'imperatore è considerata in assoluto la prima università laica in Europa di tipo statale. Cioè non fondata da corporazioni o associazioni di intellettuali, o di studenti ma in forza di un provvedimento sovrano Due furono i motivi principali che spinsero l'imperatore all'edificazione dello studium generale: in primo luogo la formazione esclusiva del personale amministrativo e burocratico della curia regis e quindi la preparazione dei giuristi che avrebbero aiutato il sovrano nella definizione dell'ordinamento statale e nell'esecuzione delle leggi; in secondo luogo agevolare i propri sudditi nella formazione culturale, evitando loro inutili e costosi viaggi all'estero.

La scelta della sede cadde su Napoli per motivi non solo culturali ma anche geografici ed economici: i traffici via mare, il clima mite e la posizione strategica all'interno del Regno furono, in un certo modo, determinanti.

Inizialmente gli studi furono indirizzati verso il diritto, le arti liberali, la medicina e la teologia: quest’ultima, rispetto alle altre materie, venne insegnata presso sedi religiose, in particolare nel convento di San Domenico Maggiore, dove insegnò dal 1271 al 1274 Tommaso d’Aquino. Inoltre, durante il periodo angioino, l'Università di Napoli, a differenza delle altre, restò indipendente dal potere papale.

Le prime difficoltà arrivarono con l’avvento del dominio aragonese nel 1443, che di fatto costrinsero l'ateneo ad una prima chiusura. L’Università fu riaperta nel 1465, a seguito di un'intesa tra re Ferdinando il Cattolico e papa Paolo II, salvo poi essere nuovamente chiusa nel 1490.

Si dovette aspettare il 1507 affinché lo studium partenopeo riaprisse i battenti, ricominciando dal convento di San Domenico Maggiore, che ne fu la sede per tutto il Cinquecento. In seguito, nel 1616, fu realizzata la costruzione, ad opera Dell’architetto Giulio Cesare Fontana e per ordine di Don Pedro Fernando de Castro, conte di Lemos e viceré di Napoli, del Palazzo degli Studi, ristrutturato appositamente per ospitare l’Università.